Pedro de Perea, general español dominó la región y estableció ahí fundos de la conquista y posteriormente en el año 1639, el jesuita Bartolomé Castaños fundó la misión de Nuestra Señora de la Concepción, nombrando al pueblo como La Purísima Concepción de Baviácora.
Baviácora destacó en la región por lo industrioso de sus habitantes en el siglo XVIII y la producción de harina de trigo y panocha o piloncillo de caña.
Los templos de Baviácora son lugares a visitar, aunque el más antiguo no está abierto, desde la plaza se puede admirar su arquitectura con influencia morisca, o visitar el actual recinto católico construido en el siglo XX.
Centro comercial de la región, ha sido sede de comercio e intercambio entre los pueblos de la sierra y de la ruta del río de Sonora y ha tenido también bonanza minera a principios del siglo XX.
La Ruta del Río de Sonora nos lleva por pueblos del mismo municipio también llenos de encanto y con paisajes originales que sólo cambian con cada estación del año. La Capilla, La Labor, La Aurora, El. Molinote, El Puertecito, Las Tortugas, y Mazocahui, están seguidos a la ribera del río al sur del pueblo de Baviácora. Este municipio llega hasta Mazocahui hacia el sur y hasta Moctezuma por el Este, comunicándose por carretera.
En Mazocahui, municipio de Baviácora, está el entronque carretero en donde inicia la numeración del kilometraje de la ruta 89 hacia el norte por los pueblos del río de Sonora. La carretera Mex 14, que viene de Hermosillo, continúa al Este hacia la Sierra Alta y nos lleva a otras hermosas rutas de la geografía Sonorense como Cumpas, Moctezuma y 15 municipios del Circuito Sierra Alta.
Todo visitante tiene lugares qué conocer en Baviácora y sus alrededores. siempre recomendamos que pregunten a los lugareños aunque la orografía del lugar define naturalmente las rutas y los lugares a visitar, principalmente en la orilla del río y en los cajones que forman los arroyos que lo alimentan. Nos han recomendado las Tinajas y el bosque ecológico del Represo. A los ranchos particulares habrá que tener el permiso del dueño así como las buenas señas para llegar en todo tiempo.
En Baviácora se pueden hacer conexiones para visitar, conocer o ir de cacería a los ranchos aledaños, administrados como ranchos cinegéticos para conservar la fauna regional como el venado cola blanca y el bura.
Sierra, valle agrícola, ranchos ganaderos, paisajes del río, huertos y alamedas adornan el paisaje de Baviácora que recibe a los visitantes con servicios de comercio, farmacia, restaurant, gasolinería y Banco.
En el año 2022 se celebró en Baviácora la feria del chiltepín y se expusieron muestras y productos condimentados. El chiltepín se siembra y cultiva, ya domesticado y, con técnicas agrícolas se obtiene este producto que antes solamente era un fruto silvestre.